UPT Instalasi Farmasi pada Dinas Kesehatan Kota Kupang mempunyai tugas melaksanakan penyusunan rencana program pengelolaan Farmasi, penyusunan data statistik, pencatatan, monitoring, evaluasi dan pelaporan pengelolaan obat-obatan dan alat kesehatan serta penerimaan,penyimpanan, pemeliharaan dan pendistribusian obat-obatan dan alat kesehatan ke setiap sarana kesehatan dan jaringannya yang ada di Kota Kupang. Untuk melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud, Instalasi Farmasi pada Dinas Kesehatan Kota Kupang menyelenggarakan fungsi:

  1. Penyusunan program pengelolaan instalasi farmasi
  2. Pencatatan,monitoring,Evaluasi dan pelaporan pengelolaan obat-obatan,alat kesehatan dan perbekalan farmasi
  3. Penerimaan,penyimpanan,pemeliharaan dan pendistribusian obat-obatan alat kesehatan dan perbekalan farmasi
  4. Pelaksanaan administrasi ketatausahaan yang meliputi urusan umum, perlengkapan,keuangan,kepegawaian dan pelaporan.
  5. Pelaksanaan tugas lain yang diberikan oleh Kepala Dinas sesuai dengan tugas dan fungsinya.

Dalam melaksanakan tugas dan fungsinya UPT Instalasi Farmasi melayani 11 Puskesmas se-kota Kupang. Selain puskesmas, Instalasi Farmasi Kota Kupang juga melayani sarana kesehatan lainnya yang ada di Kota Kupang seperti Rumah Sakit Umum (milik pemerintah maupun swasta), dan Klinik khusus untuk obat-obat program.